Мадагаскар недаром называют маленьким континентом, здесь, сменяя друг друга, расположены несколько климатических зон, наиболее четко разграничены три: тропическая муссонная на востоке, умеренная морская в центральной части, пустыни и полупустыни на юге. Максимальное количество осадков выпадает в первой, куда влагу приносят устойчивые ветры с Индийского океана. На западе острова дождей меньше, чем на востоке (здесь дожди могут идти круглый год), в то время, как на юге преобладают засушливые территории. Например, на острове Сент-Мари (Нуси-Бураха) – северо восток максимальная сумма осадков в год З612 мм; в Анакау – юго-запад же в год выпадает не более 310 мм.
Разнообразие климатов отчасти объясняется положением Мадагаскара между 12° и 25° южной широты, что обусловливает переход от влажных субэкваториальных условий к сухим субтропическим. Разница широт северной и южной оконечностей острова приводит к тому, что даже на побережье отмечаются заметные различия в среднегодовых температурах воздуха – от 27°С в городе Диего-Суарес на севере до 23°С в городе Форт-Дофин на юге. В столице острова Антананариву приятный умеренный климат (из-за высоты 1300 метров над уровнем моря). Температура на побережье гораздо выше, чем в центральных регионах — они достигают 27-32 градусов в сезон дождей и 18-22 градусов в сухой сезон. Самыми холодными месяцами являются август и сентябрь, в это время в центральных районах столбик термометра держится на отметке 15 градусов Цельсия, а иногда и ниже. С марта по май воздух тут прогревается до комфортных +25°C. Гораздо жарче в северо-западной части Мадагаскара, где разница между зимой и летом не так ощутима (в среднем 32 и 35 градусов днем соответственно).
Период с января по март - эти месяцев стоит избегать при планировании поездки. Это сезон дождей, и все немногочисленные дороги полностью размывает. Многие отели закрываются на этот период, а местные туроператоры уходят в отпуск. А вот на полуострова Масоала и на соседних территориях сезон дождей приходится на период с июля по сентябрь
Период с мая до конца сентября считается самым приятным сезоном для посещения острова. Температура в этот период немного прохладнее и нет дождей. По идее туристический сезон начинается с апреля, после того, как уходит циклон с постоянными дождями. Но несмотря на то, что сезон дождей официально закончен, до многих районов острова добраться невозможно из-за размытия дорог. Поэтому до июня цены на острове все еще низкие. Именно в этот период происходит сбор урожая на рисовых полях — очень впечатляющее зрелище.
Высоким туристическим сезоном считаются месяцы июль и август. Также в эти месяцы жара спадает, что очень привлекает многих путешественников. Для любителей природы в этот сезон есть и плюсы, и минусы: начинается китовый сезон, но многие рептилии и млекопитающие впадают в спячку.
Период с сентября по декабрь - многие путешественники выбирают именно это время для посещения Мадагаскара. Этот сезон отличается более высокими температурами и все еще отсутствием дождей (официально сезон дождей начинается с конца декабря). Если вы прилетаете на остров за пляжным отдыхом и для наблюдения за многообразным животным миром, то это ваш сезон.